國保係由勞動部勞工保險局為民眾提供第一線服務；勞動部勞動基金運用局負責基金投資、資產配置及風險管理，爭取合理收益；另有衛生福利部社會保險司負責統籌法規推動、政策規劃。在跨部會的合作下，讓國保運行順遂。
衛生福利部國民年金監理會作為監督單位，聘請專家學者、人民團體代表與政府部門代表，擔任監理委員與爭議審議委員，分別就行政業務、基金運用及爭議審議案件定期監督、審議，以確保業務推展及民眾權益。專業、周延的監理機制，讓國保不但不會倒，反而能帶來長遠的保障。